上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校;1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校;1996年4月，原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校;2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校，海关高等教育事业翻开了崭新的篇章。2012年12月，被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位开展培养专业硕士学位研究生的试点工作单位。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位，同时获批公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，同年海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。
学校现设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院和检验检疫技术交流部八个院(系);设置了海关管理、行政管理、物流管理、国际商务、税收学、经济统计学、法学、英语8个本科专业和公共管理硕士、税务硕士2个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学4个学科门类。
学校的主要任务是立足海关、面向社会，培养符合海关事业和经济社会发展需要的应用型、复合型、涉外型的高素质海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才，并积极开展海关理论研究和国际交流。学校同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务;并根据世界海关组织(WCO)的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。学校以建设海关特色鲜明、服务国家战略、具有国际影响力的一流高等学府为目标，主动跟进海关改革与发展的实践，为建设新时代社会主义特色新海关贡献更多力量。
学校现有专任教师156人，其中教授17人，副教授50人，具有高级专业技术职务教师的比例为42%。具有博士学位教师86人、硕士学位教师48人，具有研究生学历教师的比例为86%。师资队伍结构合理，教学科研水平较高。学校设有海关管理研究所和海关法、海关风险管理、关税、海关公共关系、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学校获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。
学校位于上海市浦东新区，占地面积521亩。下设苏州分校，位于苏州市吴中区，占地133亩。按照教育部普通高等学校设置标准，学校建有现代化的教学楼、图书馆和先进的ATM校园网，教室都具备多媒体授课的条件;并建有数码阅览室、视听室、文娱活动综合楼、网球场、游泳馆、体育馆等配套设施，为学生营造一个良好的学习和生活环境。
学校始终凸显以“爱国明志、开放博学”为内涵的“大学精神”教育，注重学生的全面发展，学生综合素质教育、准军事化管理贯穿于人才培养的全过程;学校始终以教学、科研、培训为中心，以学科专业建设为龙头，转变教育教学观念，深化教育教学改革，创新人才培养模式，实施以德育为核心的综合素质教育，培养学生实践能力和创新精神，促进学生个性化发展，全面提高本科人才培养质量。
