研究生学院成立于2003年10月，1997年3月成立研究生部，挂靠在校科研处。2003年12月成立学院党总支，2015年10月设立研究生学院党委。2017年10月，学校党委设研究生工作部，与研究生学院合署办公，负责学校研究生党建和思想政治教育工作，组织实施校党委有关决策部署，指导各研究生培养单位的研究生教育管理工作。研究生学院党委改为直属党支部。
我校研究生管理实行以“培养单位为主体”的管理模式，注重发挥“校-院-学科（导师）”三级管理的作用。目前，研究生学院（党委研究生工作部）设有党政办公室、招生办公室、培养办公室、研究生思想政治教育办公室、研究生管理办公室5个科室，学院现有职工13人。
学校1956年经卫生部、教育部批准开始招收研究生。1990年经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。1996年经国务院学位委员会批准获准开展在职人员申请硕士学位工作。1998年经教育部批准，可以招生港澳台研究生。现拥有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学等4个博士学位授权一级学科点，40个博士学位授权二级学科点，有13个硕士学位授权一级学科点，72个硕士学位授权二级学科点，设有临床医学、药学、公共卫生与预防医学、基础医学等4个博士后科研流动站，拥有博士专业学位授予权1个，硕士专业学位授予权8个。临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学、免疫学、神经科学与行为学、社会科学总论等7个学科ESI全球排名前1%。截至2021年7月，在校统招博士生543人、统招硕士生5829人。共有博士生导师152人、硕士生导师近1300人。参与研究生招生、培养的二级培养单位达43个，其中直属培养单位18个、非直属培养单位25个。（2021年7月）
