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tRNA的二级结构为三叶草结构。其结构特征为：
a)tRNA的二级结构由四臂、四环组成。已配对的片断称为臂，未配对的片断称为环。
b)叶柄是氨基酸臂。其上含有CCA-OH3'，此结构是接受氨基酸的位置。
c)氨基酸臂对面是反密码子环。在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子，可与mRNA上的密码
子相互识别。
d)左环是二氢尿嘧啶环(D环)，它与它与核糖体的结合有关。
e)右环是假尿嘧啶环(TψC环)，氨基酰-tRNA合成酶的结合有关。
f)在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环(额外环)，它的大小决定着tRNA分子大小和种类。
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