基础医学系的研究生培养工作是建立在生物学专业研究生培养的基础上。自医学院成立以来，一直在清华大学生命学院生物学研究生培养方案的引领下培养自己的研究生，2008年全国博士学位论文1篇。
自2007年以来，多位青年学者回国加盟基础医学系，不仅拓展了基础医学系的生物学研究方向，而且给年轻的医学院带来了勃勃生机。目前基础医学系PIs的研究方向已包括神经科学、膜蛋白与重大疾病研究、生物化学与分子生物学、表观遗传学与癌症研究、免疫学与传染病研究、干细胞与再生医学等，刘国松，颜宁，常智杰等教授在国际著名期刊发表的高水平的论文足以体现医学院教授指导研究生的能力。
2012年清华大学医学院生物学和药学暑期夏令营吸引了全国大批的985和211大学的本科生的申请。为提高研究生培养质量，引导学生做自己感兴趣的科研方向，基础医学系实行了轮转择导的改革机制，即博士生被录取后经过1个学期的3个实验室轮转之后才通过双向选择的方式定导师。
此外，为提高培养质量，全面考核研究生的继续学业的能力，建立了新的博士生资格考试规则，不仅考核学生的学习能力，而且希望通过考核内容，引导学生具有钻研精神。此项改革赢得了学校的鼓励和支持。
基于基础医学系在生物学研究生培养方面的成就，2011年成为了基础医学一级学科硕士点，不仅培养了本国的硕士研究生，而且招收了海外留学生。通过努力，我们相信不远的将来，医学院会成为基础医学一级学科博士点。
