本工程领域以控制科学与工程的二级学科系统工程为主要研究领域。系统工程专业是系统科学、控制科学、计算机科学、数学科学、经济科学等学科相互渗透形成的一门交叉学科。本工程领域注重系统工程理论与方法在交通运输领域的应用和发展，为交通运输行业培养掌握系统工程理论方法的高级专业人才。
主要研究方向包括：
1．管理系统工程
宏观层次主要研究国家、区域及行业的发展战略及规划等；微观层次主要研究企业的发展战略、经营策略研究以及企业的系统管理、信息管理、环境管理、风险管理及项目策划、工程项目评估与评价、项目管理等。
2．交通运输系统工程
主要研究交通流的预测及其优化与分配，综合运输网规划，城市综合交通体系及部门交通规划的理论方法及其应用等。
3．物流系统工程
主要研究物流规划与仿真，物流系统的优化与设计，物流信息平台的设计与开发，供应链过程一体化条件下的物流管理相关理论与方法等。
4．交通运输智能自动化系统工程
主要研究ITS的框架体系、ITS工程的规划及系统设计，交通运输系统智能控制技术，交通运输系统智能检测技术，城市交通智能化管理与系统设计，客货运输智能化管理与系统设计；交通运输系统智能调度优化技术与监控系统，公共交通优化调度系统等。
