南京中医药大学附属南京医院开设有7个专业，内科学、临床检验诊断学、外科学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、急诊医学等。以下是南京中医药大学附属南京医院的专业目录，参考书目，复试分数线等信息。
南京中医药大学附属南京医院研究生招生目录及参考书目
| 专业信息 | 研究方向 | 考试科目 | 招生人数 |
| 内科学[100201] | (01)肝硬化的基础与临床(02)慢加急性肝衰竭临床和基础研究(03)中西医结合慢性肝病临床和基础研究(04)遗传和代谢性肝病的临床和基础研究(05)感染与免疫(06)艾滋病的基础与临床(07)侵袭性真菌感染(08)纳米技术在结核病的应用研究(09)耐药结核病的基础与临床研究(10)疑难肝脏疾病的临床病理诊断(11)肝脏疾病和肝衰竭治疗 | ①(101)思想政治理论 | 3 |
| 临床检验诊断学[100208] | (01)临床检验诊断研究 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 外科学[100210] | (01)肝胆外科(02)胃肠外科 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 妇产科学[100211] | (01)妇科肿瘤基础和临床(02)宫颈癌及宫颈病变发病机制研究(03)围产医学：生殖健康及高危妊娠管理(04)妊娠期肝病及感染性疾病的基础和临床研究 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 肿瘤学[100214] | (01)肿瘤放射抵抗的研究(02)肿瘤液体活检的技术及应用(03)循环肿瘤细胞检测 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 麻醉学[100217] | (01)临床麻醉(02)疼痛诊疗 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 急诊医学[100218] | (01)重症感染的血管损伤机制与治疗(02)肝性脑病的发病机制、监测与治疗 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
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