中国科学院大学上海药物研究所开设有7个专业，药学、药物化学、药剂学、药物分析学、药理学、化学生物学、中药学等。以下是中国科学院大学上海药物研究所的专业目录，参考书目，复试分数线等信息。
中国科学院大学上海药物研究所研究生招生目录及参考书目
| 专业信息 | 研究方向 | 考试科目 | 招生人数 |
| 药学[105500] | (01)药物化学(02)药理学 | ①(101)思想政治理论 | 16 |
| 药物化学[078001] | (01)药物合成化学(02)天然药物化学 | ①(101)思想政治理论 | 2 |
| 药剂学[078002] | (01)新型纳米载药系统研究(02)新型功能性脂质载体制剂的设计(03)经皮给药新技术与新制剂(04)分子药剂学与计算药剂学 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 药物分析学[078004] | (01)体内药物分析学(02)药物分析学(03)中药分析学 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 药理学[078006] | (01)神经药理学(02)肿瘤药理学(03)免疫药理学(04)心血管药理学(05)代谢性疾病药理学(06)受体药理学(07)结构药理学(08)化学生物学(09)药物毒理学(10)药代动力学(11)微生物与生化药学 | ①(101)思想政治理论 | 2 |
| 化学生物学[0780Z1] | (01)化学信息学、生物信息学及计算化学与生物学研究(02)创新药物发现及作用机制的理论研究(03)基于我国常见重大疾病的新药先导化合物研究 | ①(101)思想政治理论 | 1 |
| 中药学[078100] | (01)临床中药学(02)中药分析学(03)中药化学(04)中药药理学(05)中药制剂学 | ①(101)思想政治理论 | 5 |
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