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①税种结构存在的问题
a.主体税种结构失衡。1994年的税制改革确立了我国建立流转税与所得税并重的双主体税制结构模式的指导思想。我国主体税种结构的失衡，主要是所得税收入过低，与其主体税种地位不相称。在所得税当中，又主要是个人所得税过于弱小，个人所得税征收制度不合理，改革明显滞后，各税种之间缺乏必要的协调机制。
b.辅助税种设置不合理。我国目前税制结构中辅助税种设置不合理主要表现在两个方面：第一，某些领域的税种缺位与我国当前经济发展的现状极不适应;第二，某些税种名不副实，或者设置重复。
②中央税与地方税结构存在的问题
a.地方税缺乏独立的主体税种，不利于建立地方税体系和保证地方税收入的稳定增长，影响了地方政府职能的实现。
b.地方政府缺乏必要的税权。我国地域辽阔，各地区的经济发展存在较大差异。税权基本统一于中央，地方无权开征新税种或对现行地方税种进行适合本地情况的必要调整，不利于地方政府利用税收因地制宜地进行适合本地情况的中观经济调控。
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